Pelaksanaan Otonomi daerah secara tidak langsung akan memaksa daerah untuk melakukan Perubahan-Perubahan, baik Perubahan struktur maupun Perubahan proses birokrasi dan Kultur irokrasi. Perubahan kultur meliputi pembaharuan yang sifatnya kelembagaan (Institutional reform) yaitu Perubahan struktur birokrasi Pemerintah Daerah yang lebih ramping akan tetapi kaya fungsi (form follow functions). Perubahan proses meliputi Perubahan yang menyentuh keseluruhan aspek dalam siklus pengendalian manajemen di Pemerintah Daerah yaitu Perumusan strategis, perencanaan strategik, penganggaran, pelaporan kinerja, penilaian kinerja, dan mekanisme reward and punishment system Perubahan kultur birokrasi terkait dengan Perubahan budaya kerja dan perilaku pegawai yang mengarah pada tercapainya profesionalisme birokrasi.Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) Peningkatan kinerja pegawai dalam penyusunan APBD pada Kantor Badan Pengelolaan Keuangan Daerah Provinsi Sulawesi Selatan dalam menjalankan tugas dan fungsinya harus memperhatikan peningkatan pengetahuan pegawai, kemampuan pegawai, kepemimpinan serta motivasi kerja. (2) Variabel pengetahuan pegawai, kemampuan pegawai, kepemimpinan serta motivasi kerja secara bersama-sama berpengaruh positif dan signifikan terhadap peningkatan kinerja pegawai dalam penyusunan APBD pada Kantor Badan Pengelolaan Keuangan Daerah Provinsi Sulawesi Selatan. Hasil penelitian secara parsial dengan menggunakan analisis regresi berganda menunjukkan bahwa di antara keempat variabel yaitu pengetahuan pegawai, kemampuan pegawai, kepemimpinan serta motivasi kerja yang diteliti, maka yang dominan berpengaruh adalah pengetahuan pegawai.