Tingginya keragaman varietas rambutan menjadi salah satu potensi untuk mengembangkan varietas unggul baru. Akan tetapi, ketersediaan informasi keragaman genetik rambutan masih terbatas. Penggunaan teknik marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) menjadi pilihan untuk analisis keragaman genetik tanaman karena cepat, mudah dan efisien. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman rambutan koleksi KPN (Kebun Plasma Nutfah) LIPI secara genotipik. Sembilan varietas rambutan digunakan dalam penelitian ini. Hasil analisis dengan menggunakan enam marka RAPD menghasilkan total pita 45. Hasil analisis polimorfisme menunjukkan keragaman antar varietas sebesar 56,6% dan nilai PIC (Polymorphic Information Content) sebesar 0,2-0,5. Dendogram UPGMA (Unweighted Pair Group Methode Arithmetic) membagi sembilan varietas rambutan dalam dua kelompok dengan indeks kesamaan sebesar 85-95%. Kelompok satu merupakan jenis varietas Si Nyonya sedangkan kelompok kedua terdiri dari varietas Rapiah, Aceh Lebak, Unidentified, Binjai, Parakan, Si Macan, Aceh Pagar dan Lebak Bulus. Perbedaan kelompok ini diduga berkaitan dengan sifat kelekatan daging buah terhadap biji. Varietas Aceh Lebak memiliki kekerabatan paling dekat dengan varietas unidentified sebesar 95%.