Pada penelitian ini dilakukan Analisa pengujian perbandingan kualitas jaringan IPv4, IPv6 dan 6to4 di Laboraturium Teknik Informatika UMMU. Dengan menggunakan FTP Server, untuk membandingkan hasil yang terbaik dan nilai Quality Of Service (QOS) berupa Delay, Throughput dan Packet Loss. Penelitian ini menggunakan software Mikrotik sebagai Router untuk menghubungkan antara jaringan IPv4, IPv6 dan 6to4 Tunneling. dan software VSFTPD berfungsi sebagai Server yang memberikan service untuk melakukan penukaran file dari permintaan FTP Client pada jaringan IPv4, IPv6 dan 6to4. Pengimplementasian tiap - tiap konfigurasi akan ditentukan dari hasil downloads dan upload. Sehingga dapat mengetahui nilai terbaik dari masing – masing IP Address yang akan di uji coba. Berdasarkan hasil penelitian dan analisis dapat ditarik kesimpulan Perbandingan Trougphut dari IPv4, IPv6 dan 6to4 Tunneling dapat di lihat dari hasil perbandingan yaitu dengan nilai rata-rata yang berbeda-beda pada pengujian dari tes pertama dan tes kedua dengan nilai rata-rata IPv4 perbandingan Upload 500Mb Nilai terbaik dari QOS 6to4 dengan nilai perbandingan Trougphut 1405 Mega byte/s,  kemudian pada IPv6 dengan nilai Trougphut 613 Mega byte/s dengan nilai yang cukup baik, dan nilai Trougphut IPv4 adalah 2 Mega byte/s dengan nilai yang kurang baik Packet loss dari perbandingan IPv4, IPv6 dan 6to4 tunnling dengan nilai yang sangat baik yaitu 0,000%.