Peranan mikroba meningkatkan hasil padi metode SRI beragam dipengaruhi jenis,  kombinasi mikroorganisme, daya adaptasi, dan teknik aplikasi. Hasil penelitian menunjukkan aplikasi mikroba indigenous mampu meningkatkan hasil tanaman padi metode SRI. Jenis mikroba tanah jamur Trichoderma spp. umumnya banyak ditemukan merupakan jamur tanah biasanya ditemukan pada rizosfer tanaman, termasuk rizosfer tanaman padi.  Tujuan penelitian untuk mengetahui jenis Trichoderma spp. indigenous secara makroskopis dan molekuler asal rizosfer beberapa varietas padi di Kabupaten Lima Puluh Kota dan Kota Payakumbuh. Metode yang digunakan adalah eksplorasi, isolasi dan karakterisasi. Eksplorasi Trichoderma spp. indigenous diambil dari tanah rizosfer padi di Kabupaten Lima Puluh Kota dan Kota Payakumbuh. Isolasi dan karakterisasi jamur Trichoderma spp. indigenous dilakukan di laboratorium Mikrobiologi Politeknik Pertanian Negeri Payakumbuh dan teknik molekuler dengan Amplifikasi PCR di Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika di Solok. Hasil penelitian diperoleh isolat T1-KK (Kuriak Kuning), T2-PW (Pandan Wangi), T3- J (Junjuang) ketiganya asal Kabupaten Lima Puluh Kota, T4- S (Sokan), T5-KM (Ketan Merah), T6-SB (Siliah Baganti) asal Kota Payakumbuh. Hasil amplifikasi PCR diperoleh jenis isolat Trichoderma spp dari masing-masing isolat tersebut adalah T1-KK jenis jamur Trichoderma asperellum, T2-PW jenis jamur Trichoderma harzianum dan Trichoderma asperellum, T3-J jenis jamur Trichoderma harzianum dan Trichoderma asperellum, T4-S jenis jamur Thichoderma asperellum, T5-KM jenis jamur Trichoderma harzianum dan Trichoderma asperellum, dan T6-SB jenis jamur Trichoderma harzianum dan Trichoderma asperellum.