Dari sekian banyak persoalan dalam pengembangan usaha kakao di Sikka, secara umum permasalahan utamanya adalah rendahnya produktivitas dan cenderung mengalami penurunan. Dari konsultasi dengan para stakeholders di Sikka, akar masalah dari rendahnya produktivitas kakao di Sikka dikelompokan menjadi dua faktor utama, yakni: (1)Tanaman kakao tua;dan (2)Serangan hama dan penyakit.