Politeknik Pertanian Negeri Samarinda pada awalnya disebut Politeknik Pertanian Universitas Mulawarman Bidang Studi Kehutanan. Didirikan secara resmi pada tanggal 6 Pebruari 1989 oleh Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur Bpk. Suwandi bersama-sama dengan Rektor Universitas Mulawarman Bpk. Yunus Rasyid. Kemudian dilanjutkan dengan peresmian Kampus Politeknik Pertanian Universitas Mulawarman oleh menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia Bpk. Fuad Hasan pada tanggal 19 September 1991.