The WAHID Institute (WI) sebagai lembaga non-profit yang bertujuan untuk mengembangkan Islam moderat, mendorong terciptanya demokrasi, pluralism agama-agama, multikulturalisme dan toleransi menganggap bahwa laporan mengenai keberagamaan baik terkait isu kebebasan beragama dan berkeyakinan maupun mengenai kondisi kehidupan keberagamaan di Indonesia adalah kebutuhan yang tak terelakkan. Sejak tahun 2005 WI mulai melakukan pendokumentasian isu dan kasus kehidupan keagamaan, terutama menyangkut kebebasan beragama dan pluralisme.

Namun, laporan tahunan yang komprehensif baru bisa dilakukan pada 2008. Karena itu, Laporan Tahunan 2009 ini merupakan kali ke dua WI membuat laporan secara komprehensif mengenai situasi kehidupan keagamaan di Indonesia.

Laporan ini disusun oleh sebuah tim yang bekerja secara nasional, meskipun tidak seluruh wilayah Indonesia bisa dicover. Tim tersebut bekerja dalam bentuk jaringan yang terdiri atas lembaga-lembaga non-profit di 11 wilayah yang selama satu tahun ini melakukan pemantauan (monitoring) terhadap berbagai isu keagamaan di wilayah masing-masing.Kesebelas wilayah tersebut yakni Maluku, Sulawesi Selatan, Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, NTB, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, DI Yogyakarta, DKI Jakarta dan Banten. Namun hal ini bukan berarti lingkup laporan ini terbatas pada sebelas wilayah tersebut, karena tim di WI juga melakukan pemantauan dan pencatatan terhadap peristiwaperistiwa keagamaan di luar sebelas wilayah tersebut, baik melalui media maupun jaringanjaringan personal.