Badan Amil Zakat Nasional Kota Yogyakarta merupakan salah satuorganisasi pengelola zakat yang sedang mengalami perkembangan pesat,akan tetapi hal tersebut belum cukup dijadikan ukuran bahwa kinerjaorganisasi ini sudah optimal. Six Sigma muncul sebagai metode perbaikanyang populer karena berfokus pada output organisasi yang penting bagipelanggan sekaligus menjustifikasi perbaikan dengan menunjukkanpeningkatan produktivitas dan kualitas yang jelas bagi organisasi. Jenis penelitian ini disebut dengan mixed methods research, populasipenelitian ini adalah seluruh pelanggan (muzakki dan mustahiq) BAZNASKota Yogyakarta yang aktif pada tahun 2013 berjumlah 1300, sedangkansampel yang diambil adalah 130 responden. Data kuantitatif penelitiandiperoleh melalui kuesioner servperf, sedangkan data kualitatif diperolehdengan wawancara kepada pihak pengelola (amil) BAZNAS KotaYogyakarta disertai dengan observasi dan dokumen dari lembaga.Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa secara keseluruhan tingkatkepuasan muzakki dan mustahiq terhadap kinerja layanan zakat padapengukuran servperf rata-ratanya adalah 3,82 artinya secara keseluruhankinerja layanan zakat BAZNAS Kota Yogyakarta sebesar 76,44% danmasih memberikan peluang munculnya ketidakpuasan muzakki danmustahiq terhadap kinerja layanan tersebut sebesar 23,56%. Pada fasemeasure menunjukkan bahwa kinerja layanan zakat di BAZNAS KotaYogyakarta berada pada level 2,22 sigma, artinyakualitas organisasi inidikategorikan kurang baik dan masih belum menunjukkan kinerja layananyang maksimal.