Cendana (Santalum album) merupakan pohon hemiparasit bernilai tinggi, digunakan secara luas dalam industri farmasi. Sejak1998, spesies ini dinyatakan termasuk kategori rentan oleh IUCN Red List. Perbanyakan pohon cendana sampai saat ini mengalami hambatan karena tidak mampu secara seksual, waktu yang lama dan sifat heterozigot, sementara perbanyakan vegetatif makro cendana belum tersedia. Regenerasi cendana melalui pendekatan in vitro masih terbatas karena sulitnya pengembangan tahap perakaran dan aklimatisasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamati regenerasi perakaran plantlet in vitro dan ex vitro pada kultur jaringan cendana. Penelitian ini menggunakan metode kultur jaringan pada tahap perakaran dengan media ½ GD yang ditambah IBA 20 mg/l; IAA 0,15 mg/l dan kinetin 0,15 mg/l. Klon cendana A.III.4.14 dan WS28 digunakan sebagai sumber eksplan. Regenerasi perakaran diamati selama 6 bulan in vitro dan 3 bulan ex vitro setelah aklimatisasi di rumah kaca. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa klon A.III.4.14 mempunyai persentase terbentuknya akar primer yang lebih rendah (41,85 %) dibandingkan klon WS28 (60,44 %) dan sebaliknya klon A.III.4.14 mempunyai persentase terbentuknya akar sekunder yang lebih tinggi (58,15 %) dibandingkan klon WS28 (39,56 %). Hemiparasit cendana mempunyai kapasitas untuk melakukan fotosintesa dan dapat melakukan pemanjangan akar, pemanjangan tunas serta pertumbuhan daun secara in vitro tanpa disertai inang. Namun demikian terjadi Perubahan bentuk akar ex vitro setelah aklimatisasi, rambut-rambut akar tumbuh pada perakaran ex vitro hanya dari plantlet yang berakar sekunder in vitro. Kondisi ini penting untuk seleksi perakaran in vitro cendana agar diperoleh sistem perakaran yang lebih baik pada aklimatisasi.