Komisi Yudisial sebagai lembaga Negara yang memiliki fungsi pengawasan secara eksternal terhadap kode etik dan pedoman perilaku hakim seringterjadi konflik dengan fungsi pengawasan secara internal yang diakukan oleh Mahkamah Agung. Oleh sebab itu Oleh sebab itu, Mahkamah Agung dan Komisi Yudisial perlu bekerjasama dalam melakukan fungsi pengawasan terhadap kode etik dan perilaku hakim.Penulisan ini bertujuan untuk: bertujuan untuk: (1) hubungan Komisi yudisial dalam sistem ketatanegaraan Indonesia. (2) kewenangan antara Mahkamah Agung dan Komisi Yudisial agar tidak terjadi disharmonisasi dalam bidang pengawasan di masa depan.Penulisan merupakan penulisan dokrinal/normatif.Penulisan ini menganalisis Disharmonisasi Kewenangan Lembaga Tinggi Negara Dalam Sistem Ketatanegaraan Indonesia.