Kualitas udara dalam ruangan (Indoor Air Quality) merupakan masalah yang perlu mendapat perhatian karena akan berpengaruh terhadap kesehatan manusia. Bakteri yang terdapat pada udara ruangan rumah sakit merupakan salah satu penyebab penyakit infeksi yang disebut infeksi nosokomial. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan pendekatan observasional laboratorium untuk mengetahui kualitas bakteri udara di ruang operasi Rumah Sakit Abepura dan Rumah Sakit Dian Harapan di kota Jayapura. Penentuan jumlah sampel yang digunakan pada penelitian ini menggunakan metode total sampling, yaitu mengambil seluruh sampel ruang operasi di Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Abepura dan Rumah Sakit Dian Harapan di Kota Jayapura. Setiap ruang diambil satu kali yaitu pada pagi hari dengan 2 titik pengambilan sampel. Tahapan penelitian ini di mulai dengan meletakan cawan petri yang berisi media PCA dan menghitung jumlah total angka kuman diruang operasi Rumah Sakit Abepura dan RS Dian Harapan. Hasil penelitian di RS Abepura indeks angka kuman pada ruang OK 1 sebesar 13 CFU/M³, OK2 sebesar 4 CFU/M³, OK 3 sebesar 1,3 CFU/M³ dan ruang OK 4 sebesar 0 CFU/M3. Hasil penelitian di RS Dian Harapan indeks angka kuman pada ruang OK 1 sebesar 4 CFU/M³, OK2 = 0 CFU/M3, OK 3 sebesar 6,5 CFU/M³ dan ruang OK 4 sebesar 11,7 CFU//M3. Kesimpulannya bahwa semua ruang operasi di RSUD Abepura dan RS Dian Harapan masih memenuhi syarat sesuai dengan baku mutu Permenkes no. 7 tahun 2019.