Institut Agama Islam Negeri Madura atau IAIN Madura adalah Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri di Pamekasan, Pulau Madura provinsi Jawa Timur, Indonesia. STAIN Pamekasan didirikan berdasarkan pada Surat Keputusan Presiden Nomor 11 Tanggal 21 Maret 1997 bertepatan dengan Tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H. Dan kini sudah beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dengan nama IAIN Madura berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 28 Tahun 2018 tentang IAIN Madura pada Bulan April 2018 dan diresmikan oleh Menteri Agama RI Lukman Hakim Saifuddin pada tanggal 5 Juli 2018.