Di tengah kekhawatiran bahwa Indonesia akan terpecah belah karena konflik kekerasan di beberapa provinsi pasca-runtuhnya rezim Orde Baru, beberapa perjanjian damai berhasil dicapai dan menghentikan kekerasan yang telah menelan ribuan korban jiwa dan harta benda. Salah satu perjanjian tersebut adalah Perjanjian Damai Malino II, yang dipandang sebagai tonggak berakhirnya konflik berkepanjangan di Provinsi Maluku. Namun demikian, kekerasan-kekerasan dalam skala yang lebih kecil dan bersifat sporadis masih terus terjadi di Maluku, khususnya di Kota Ambon. Peneliti dan penggiat perdamaian telah mengidentifikasi bahwa salah satu persoalan yang dihadapi Kota Ambon adalah segregasi pasca-konflik. Akan tetapi, belum ada studi yang berfokus pada hubungan antara segregasi pasca-konflik, munculnya kekerasan, dan kebijakan pembangunan pasca-konflik. Oleh karena itu, studi ini dirancang untuk mengisi kekosongan informasi tersebut. Studi ini dilaksanakan sebagai bagian dari program Sistem Nasional Pemantauan Kekerasan (SNPK), kerja sama antara The Habibie Center dengan Kediputian I Bidang Koordinasi Lingkungan Hidup dan Kerawanan Sosial Kementerian Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat, dan didukung oleh The World Bank. Program ini didanai oleh hibah dari The Korea Economic Transitions and Peace Building Trust Fund.